Navnet Båly er en forkortelse av "Båløy", et navn som tyder på at det fra gammelt av har vært en lokal havnevede her. De første arbeidene med å etablere en fiskerihavn på Båly ble startet i 1876 etter anmodning fra overlosen. Den vesle havna på østsida av Båløy var viktig for de lokale fiskerne og for tettstedet Spangereid. De første arbeidene var hovedsakelig utdypingsarbeider, men i 1901- 1903 ble det også anlagt molo og dampskipsbrygge i området. Den nye fiskerihavna og moloanlegget på vestsida av Båløy, ble bygget samtidig med Spangereidkanalen og innviet i 2007.